در متن استعفا نامه اتمر خاطر نشان شده است که به دلیل اختلافات عمیق و جدی که با سیاست ها و روش ها سطح رهبری حکومت در رابطه با حفظ وحدت و اجماع ملی، تامین صلح وامنیت، مدیریت سیاسی و امور انتخابات ، حکومت داری خوب و تحکیم روابط منطقه ای و بین المللی کشور در ماه های اخیر از مقامش کناره گیری کرده است.
حنیف اتمر نگاشته است که به دلیل عدم توافق بر سر اختلافات مذکور استعفا داده است
در عین حال برخی منابع غیر رسمی گزارش داده اند که بزودی رییس امنیت ملی، وزیر دفاع و وزیرداخله افغانستان نیز از سمت های شان کنار خواهند رفت.