او در سال ۱۹۶۴ میلادی در دانشکدۀ دارالعلوم حقانی تحصیل کرد و در سال ۱۹۷۰ معادل درجه دکترا و لقب «مولوی» در پیشاور پاکستان، فارغ گردید.
حقانی شهرت بزرگی را به عنوان فرمانده نظامی در جهاد ضد شوروی افغانستان بین سالهای ۱۹۷۹-۱۹۸۹ به دست آورد و ارتباط نزدیکی با پاکستان داشت و استخبارات امریکا و عربستان سعودی او را یکی از فرماندهان مسلح در جهاد ضد شوروی ساختند.
حقانی بر زبان عربی تسلط کامل داشت و با داوطلبان جهادی عرب و شبکۀ القاعده، روابط طولانی برقرار کرده بود.
اولین پایگاههای القاعده در افغانستان در قلمرو زیر ادارۀ حقانی ساخته شد و او در مدیریت پولهای عربستان سعودی برای جبهه ضد شوروی سابق، نقش مهمی داشت.
هرچند او یکی از بنیانگذاران طالبان نبود؛ اما در سال ۱۹۹۵، درست پیش از آنکه طالبان کابل را تصرف کنند، وفاداری خود را به این گروه اعلام کرد و در رژیم طالبان به ویژه در جنگ شمال در برابر احمدشاه مسعود؛ فرمانده اتحاد شمال، نقش داشت.
پس از سقوط رژیم طالبان در سال ۲۰۰۱، او به مناطق مرزی افغانستان و پاکستان رفت و به فعالیت آغاز کرد.
او در بیشتر حملات علیه نیروهای ناتو، دولت افغانستان و حمله بر نهادها و هوتلها در شهر کابل، نقش داشت و از تروریستهای تحت تعقیب، شمرده می شد.
هرچند در سال ۲۰۱۵ میلادی نیز خبر مرگ او پخش شد و پس از آن هیچ خبری از او نبود.
در سال ۲۰۰۱ میلادی، او بیشتر مسؤولیت راه اندازی عملیاتها را به سراجالدین حقانی سپرد که پسر بزرگ اوست.
سراجالدین حقانی، بدرالدین حقانی، نصرالدین حقانی، محمد حقانی، عمر حقانی، عزیز حقانی و انس حقانی پسران او هستند.