محمد رادمنش؛ سخنگوی وزارت دفاع گفت که بازداشت آقای قیصاری توسط کماندوهای ارتش انجام نشده و این نیروها در این حادثه شامل نبوده‌اند.
 
او برخورد خشونت‌آمیز نظامیان با محافظان آقای قیصاری را "جرم" دانست و گفت که باید از افرادی که در این روند اشتراک داشته پرسیده شود.
 
آقای راد منش نیز گفت که بدرفتاری با این محافظان در محدوده واحد ارتش که آنان در آن محل بازداشت شده‌اند، انجام نشده و نیروهای ارتش این افراد را فقط دستگیر و به ریاست امنیت ملی افغانستان تسلیم داده اند.
 
جنرال بسم الله وزیری، فرمانده نیروهای کماندو نیز گفته که کماندوهای ارتش در بازداشت قیصاری و حوادث اخیر فاریاب نقش نداشته‌اند؛ ولی از یونیفرم نیروهای کماندو سوءاستفاده می‌شود.
 
قول اردوی ۲۰۹ شاهین در زمان دستگیری آقای قیصاری اعلام کرد:"او با یک رویکرد قلدرمابانه زبان به اهانت و توهین گشود... که با عملکرد سریع نیروهای امنیتی و خاصتا قطعات خاص قهرمان، شخص نظام الدین و افرادش دستگیر و جهت تحقیق به مراجع عدلی و قضایی در مرکز فرستاده شد."
 
کارشناسان اما می گویند که میان آنچه از سوی سخنگوی وزارت دفاع و همچنین فرمانده نیروهای کماندو مطرح شده و آنچه پیشتر در بیانیه رسمی قول اردوی شاهین که از بازوهای قدرتمند وزارت دفاع ملی در شمال کشور به حساب می آید، آمده بود، تفاوت های فاحشی وجود دارد.
 
رفع این تفاوت ها و پاسخ به تناقض هایی که میان این موضع گیری ها وجود دارد، کار ساده ای نیست و به نظر نمی رسد که تنها با یک موضع گیری رسانه ای، بتوان از کنار این قضیه به راحتی عبور کرد.
 
آگاهان هم تأکید می کنند که از نیروهای کماندوی ارتش ملی، انتظار می رود، رفتاری حرفه ای، مبتنی بر قانون و با رعایت تمام موازین قانونی و حقوق بشری داشته باشند. آنها همچنین نباید در امور کوچک داخلی به ویژه با رنگ و بوی تنش های قومی و انتقام جویی های عقده مندانه شخصی افراد یا مقام های سیاسی و اجرایی، دخالت کنند؛ زیرا این نیروها متعلق به مردم افغانستان هستند و باید در خدمت منافع و مصالح و وحدت ملی اقوام و شهروندان کشور باشند.
 
تا اینجا اظهارات و مواضع مقام های وزارت دفاع، قابل پذیرش و شایسته استقبال و تحسین و حمایت است؛ اما با توجه به اعلامیه اولیه قول اردوی شاهین و نیز تأخیر چندروزه وزارت دفاع در اعلام این ادعای تازه که نیروهای کماندو هیچ نقشی در دستگیری و شکنجه نظام الدین قیصاری و اطرافیان او نداشته اند، ابهام های جدی و جدیدی در این زمینه به وجود می آید که نیازمند پاسخی متقن و راضی کننده است.
 
فرمانده نیروهای کماندو می گوید که او دستور بازداشت هیچ فردی را صادر نکرده و از یونیفورم این نیروها سوء استفاده شده، سخنگوی وزارت دفاع اما ادعا می کند که افراد آقای قیصاری پس از بازداشت از سوی کماندوها به نیروهای امنیت ملی تحویل داده شده اند. میان این دو اظهار نظر، تفاوت های فاحشی وجود دارد.
 
از سوی دیگر، اعلامیه اولیه قول اردوی شاهین هم درستی این دو اظهارات و ادعاها را با تردید و پرسش مواجه می کند و همچنین نقش نیروهای کماندو در این رویداد تلخ و تکان دهنده را با ابهام رو به رو می سازد.
 
با توجه به این مسایل، کارشناسان این پرسش را مطرح می کنند که چرا نیروهای کماندو و مقام های وزارت دفاع، اکنون و پس از دو هفته تأخیر، چنین ادعایی را مطرح می کنند؟ آیا کاهش شدید محبوبیت، مقبولیت و لطمه جدی به جایگاه و اعتبار نیروهای ارتش و کماندو در نزد مردم و افکار عمومی، آنها را به این تصمیم واداشته است؟ آیا قرار است عوامل دیگری به جز نیروهای ارتش و کماندو برای این جنایات، شکنجه ها، تیراندازی و مرگ دست کم یک نفر در این رویداد، معرفی شوند؟ آیا واگذار کردن تلویحی مسؤولیت این اقدامات تکان دهنده به امنیت ملی، پای عوامل تازه را به این پرونده باز می کند؟ آیا هدف از این ادعاها این است که این اقدامات تنها به عملکردهای خودسرانه و غیر حرفه ای چند سرباز دون پایه و ساده، نسبت داده شود و نقش دستگاه های اصلی امنیتی، مقام های سطح بالای سیاسی، اجرایی و نظامی و حلقات همسو با طالبان و ضد دوستم در درون نظام در این رویداد، کمرنگ و غیر واقعی جلوه داده شود؟
 
واقعیت هرچه باشد، این پرسش ها و ابهام ها باید در یک دادگاه ویژه بی طرف و دارای قدرت، استقلال و صلاحیت کافی، از سوی دستگاه های سیاسی و امنیتی و مقام های ارشد حکومتی، پاسخ داده شود؛ در غیر آن، صرف ادعا نمی تواند نمایانگر تصویر کامل حقیقت باشد و عدالت را تأمین کند.