هرچند پس از تایید خبر مرگ ملاعمر، از اختلافات جدی در میان طالبان سخن گفته می شود؛ اما برخی مقامات پیشین طالبان به این باور اند که این اختلافات سطحی بوده و به زودی حل خواهد شد. 

به گفته آنان پیش از این نیز در برخی موارد میان مسؤولان طالبان اختلافاتی وجود داشته؛ اما مشکلی را در صفوف طالبان به میان نیاورده است. 

سید فضل اکبرآغا؛ رهبر گروه جیش المسلمین در این باره گفت:«من به این باور هستم که اختلافات نخواهد بود. اگر باشد آنان خواهند توانست آن را حل کنند. 

من فکر نمی کنم که اختلافات در حدی باشد که به صفوف و گروه طالبان زیان برساند."
پس از تایید مرگ ملاعمر، طالبان ملا اخترمحمد منصور را رهبر خود انتخاب کردند.
اما ملاحسن رحمانی؛ یک عضو شورای کویته گفته است که بیشتر اعضای شورای کویته با تعیین ملامنصور به این سمت موافق نبوده و باید ملامحمد یعقوب فرزند ملاعمر جانشین پدرش می شد.
وکیل احمد متوکل؛ وزیر خارجه پیشین رژیم طالبان هم اختلافات میان این گروه را تا حدی تایید می کند. 

با این حساب، اینکه آیا این اختلافات سرانجام گروه طالبان را به کدام سو می راند و این گروه در آینده چه سرنوشتی پیدا خواهد کرد، مساله ای است که این روزها ذهن بسیاری از ناظران را به خود مشغول داشته است. 

آنچه تاکنون مسلم و قطعی به نظر می رسد این است که اختلافات میان رهبران طالبان، جدی است و به رغم آنکه این گروه از تریبون های رسمی و غیر رسمی، سعی وافری به خرج می دهد تا این اختلافات را غیر جدی و کم اهمیت جلوه دهد؛ اما آنچه از سوی مخالفان انتصاب ملامنصور شنیده می شود، حاکی از تنش های شدید در درون این گروه و به ویژه کانون رهبری آن است. 

اختلاف از آنجا ناشی می شود که ملا منصور نه به لحاظ تاثیرگذاری و نفوذ معنوی و نه به جهت قدرت و سلطه ای که ملاعمر داشت، نمی تواند جای رهبر پیشین طالبان را در میان این گروه بگیرد. 

تردیدها در این خصوص به اندازه ای نیرومند است که حتی شماری از ناظران می گویند ملامنصور برای افراد و اعضای عادی و سطح پایین گروه طالبان نیز قابل قبول نیست. 

دلایل زیادی برای این امر وجود دارد؛ اما عمده ترین آن این است که افرادی در حد ملامنصور در گروه طالبان فراوان وجود دارند؛ کسانی که هرکدام خود را شایسته رهبری طالبان می دانند و به غیر از ملا عمر هیچکس دیگری را قبول ندارند. 

شاید به همین دلیل است که طرفداران او برای تقویت موضع رهبر جدید طالبان، علاوه بر گزینش وی به عنوان جانشین ملاعمر، او را «امیرالمؤمنین» نیز نامیدند؛ در حالی که در ابتدا قرار نبود او امیرالمؤمنین باشد؛ اما احتمالا به هدف قبولاندن رهبری او بر اعضای پایین رتبه و عادی طالبان، طرفداران او به این نتیجه رسیدند که او علاوه بر رهبر، امیرالمؤمنین نیز باشد! 

نکته دوم هم این است که ملا منصور، بیش از دیگر اعضای این گروه، به آی اس آی و پاکستان نزدیک است و این برای همه اعضا و رهبران طالبان، قابل پذیرش نیست؛ زیرا آنها تصور می کنند ملا منصور از نفوذش در میان رهبران پاکستان استفاده می کند و با استفاده از پشتوانه آی اس آی، به گفته آنها در درون گروه طالبان برای رسیدن به رهبری دست به «کودتا» زده است. اصطلاح «کودتا» مستقیما از سوی مخالفان رهبری او شنیده شده است. 

نکته سوم هم این است که ملامنصور به تلاش های صلح با حکومت افغانستان نیز متمایل است و از او به عنوان یک عنصر نسبتا میانه رو در میان رهبران طالبان یاد می شود و این چیزی نیست که هواداران ملا عمر در درون گروه طالبان را راضی کند. 

ملا عمر یک فرد تندرو، ضد گفتگو، خشونت گرا، جنگ طلب و مخالف هرگونه صلح و مذاکره با دولت افغانستان بود، به همین دلیل به عقیده کارشناسان، پس از مرگ او در دو یا سه سال گذشته، تلاش های صلح از سوی طالبان نیز تقویت شد و چراغ سبزهایی هرچند کمرنگ از سوی رهبری این گروه نسبت به این تلاش ها نشان داده شد. 

بنابراین، فرماندهان تندروتر طالبان که همچنان وفادار به مشی ملاعمر هستند و مبارزه نظامی را تنها راه ممکن می دانند، با رهبری ملامنصور مخالف اند. 

بر پایه همین مسایل و برخلاف دیدگاه اعضای کنونی و سابق طالبان، اختلافات میان رهبران این گروه بسیار جدی است و این احتمال وجود دارد که در روزهای آینده شاهد انشعاب های رسمی از این گروه باشیم و اگر این اتفاق بنا به هر دلیلی از جمله سلطه و نفوذ پاکستان بر این گروه نیفتد، اعضای عادی طالبان از این پس، بیشتر به سمت داعش و دیگر گروه های تندرو معتقد به جنگ و خشونت، کشیده خواهند شد و به این ترتیب، از رهبری ملا منصور سر بازخواهند زد.