بر اساس یک گزارش جدید، جاسوس‌های اداره پولیس فدرال امریکا (اف بی آی) به صورت مخفیانه از ۱۱ سپتمبر ۲۰۰۱ با سربازان امریکا در عراق و افغانستان همکاری داشته‌اند.
به گزارش راشاتودی، بر اساس این گزارش جدید که توسط جولی تید و آدام گلدمن در روزنامه واشنگتن پست منتشر شد، آمده است: اعضای تیم نجات گروگان اف بی آی صدها مورد حمله در خاورمیانه و در کنار فرماندهی مشترک عملیات ویژه انجام داده‌اند.
البته هر دو طرف این ارتباط را رد کرده‌اند اگر چه فرماندهی مشترک عملیات ویژه با همکاری اف بی ‌آی و با استفاده از رسانه دیجیتال به شناسایی مظنونان دست زده و اف بی آی شواهد و مدارک لازم را در اختیار این فرماندهی قرار داده تا مظنونان در آمریکا مورد بازجویی قرار بگیرند.
از آنجا که قومندان عملیات مشترک در عراق و افغانستان بیشتر از سایر گروه‌ها به انجام عملیات پرداخته، بسیاری از اعضا در اداره اف بی ‌آی نسبت به انجام فعالیت در این دو کشور بی‌میل بودند چرا که آن را یک شغل نظامی می‌دانستند.
جیمز دیویس وابسته حقوقی اف بی ‌آی در بغداد به سال ۲۰۰۷ و ۲۰۰۸ به واشنگتن پست گفت: جاسوس‌ها درباره اینکه این حضورشان در عملیات مربوط به ماموریتشان است یا خیر، دائما سوالاتی را مطرح می‌کردند و البته در بسیاری از موارد، جاسوس‌ها کشته می‌شدند.
با این حال هنوز بسیاری در اف بی آی انجام چنین ماموریتی را برای دستیابی به موفقیت برای جلوگیری از ورود تروریزم به امریکا ضروری می‌دانند.
به گزارش آوا به نقل از ایسنا، فرماندهی مشترک عملیات ویژه پیش از رخدادهای سپتمبر ۲۰۰۱ نیز وجود داشت اما پس از آن هدف جدیدی یافت؛ یک بار در عراق و یک بار در افغانستان مستقر شده و اگر مواردی از بروز اقدامات خصمانه رخ دهد، باز هم در مکان‌های دیگر مستقر می‌شود.
جرمی اسکاهیل، روزنامه‌نگار در کتاب خود با عنوان "جنگ‌های کثیف" می‌نویسد: فرماندهی مشترک عملیات ویژه با هدف انجام عملیات مخفیانه و به منظور سری نگه داشتن هویت افرادی که به انجام عملیات می‌پردازند، شکل گرفت.