این مکتب درسال ۱۳۴۹ به متوسطه و درسال ۱۳۷۱ به لیسه ار تقا یافت. گوهرخاتون درحال حاضر ۲ هزار و ۲۵۷ شاگرد و ۱۱۵ معلم دارد.

سنگ تهداب لیسه عالی گوهرخاتون امروز(چهارشنبه) در مزارشریف گذاشته شد.
ساختمان این لیسه با هزینه‌ی ۴۰۰ هزار دالر از سوی بنیاد دوستی افغانستان- امریکا اعمار خواهد شد.
قیس مهرآیین، رییس معارف ولایت بلخ می‌گوید که تعمیر لیسه گوهرخاتون در سه بلاک که داری ۲۹ اتاق خواهد بود با نظارت ریاست معارف بلخ ساخته می‌شود.
لیسه عالی گوهرخاتون درسال ۱۳۳۷ درباغ فیل‌خانه به‌نام مکتب نمبر۲ نسوان تاسیس شد، سپس به‌نام اندابی مسما شد.
این مکتب درسال ۱۳۴۹ به متوسطه و درسال ۱۳۷۱ به لیسه ار تقا یافت. گوهرخاتون درحال حاضر ۲ هزار و ۲۵۷ شاگرد و ۱۱۵ معلم دارد.
نفیسه غیاثی مدیره لیسه عالی گوهرخاتون گفت، با توجه به سرازیر شدن پول‌های هنگفت نوبت بازسازی این لیسه خیلی دیر رسید.
درهمین‌حال، محمدافضل‌ حدید، رییس شورای ولایتی بلخ از سوی استفاده افراد قدرتمند پروژه‌های بازسازی انتقاد کرده هشدار داد که نباید این پروژه مانند سایر پروژه‌های معارف بی‌کیفیت باشد.
لیسه عالی گوهرخاتون با اینکه درچند قدمی مقام ولایت بلخ موقعیت دارد، شاگردان آن با مشکلاتی رو به رو اند.
شاگردان این مکتب ازکمبود کتب درسی شکایت دارند و می‌گویند که فقط ۶ مضمون ازکتب صنف ۱۲ دریا فت کرده‌اند.
آنها ازدولت می‌خواهند دراین زمینه توجه جدی کنند.