در بخش‌های مختلف این گزارش، تلاش‌های عامدانه‌ای صورت گرفته تا پروژه ایران‌هراسی در افغانستان به صورت پررنگ تعقیب و بخشی از جامعه افغانستان نیز در همین رابطه به شکلی غیرمنصفانه مورد انواع انتقادات و اتهامات قرار گیرند.

 سفارت جمهوری اسلامی ایران در کابل در پاسخ به گزارش موسسه مطالعات خاورمیانه واشنگتن بیاینیه ای به شرح زیر منتشر نمود:

گزارش موسسه مطالعات خاورمیانه واشنگتن (26 اکتبر 2018) در مورد نقش جمهوری اسلامی ایران در شکل‌گیری، فعالیت و آینده لشگر فاطمیون که اخیرا (24 عقرب/ آبان 1397) توسط موسسه مطالعات استراتژیک افغانستان به معرض بررسی و تبلیغ گذاشته شده، بر پایه برخی گزاره‌های ناصحیح، استدلال‌های متناقض، تردیدها و ابهامات و در موارد متعددی بر مبنای مبالغه و اغراق تنظیم و منتشر گردیده است.
در بیانیه سفارت ایران آمده است، به نظر می‌رسد در بخش‌های مختلف این گزارش، تلاش‌های عامدانه‌ای صورت گرفته تا پروژه ایران‌هراسی در افغانستان به صورت پررنگ تعقیب و بخشی از جامعه افغانستان نیز در همین رابطه به شکلی غیرمنصفانه مورد انواع انتقادات و اتهامات قرار گیرند.
سفارت جمهوری اسلامی ایران در کابل با رد اتهامات مطرح شده در این گزارش که ناشی از سطحی‌نگری و غیرمستند بودن آن می‌باشد، تاکید می‌نماید اهداف بدخواهان در خارج از منطقه برای تخریب روابط حسنه میان دو دولت و ملت همسایه ایران و افغانستان هیچ‌گاه محقق نخواهد شد و جمهوری اسلامی ایران و جمهوری اسلامی افغانستان بر اساس اراده مقامات عالی دو کشور، منافع متقابل و تهدیدات مشترک همچنان به تعامل سازنده و نزدیک با یکدیگر ادامه خواهند داد.