مراکز علوم دینی در افغانستان در سیر تاریخی خود، دارای فراز و نشیب‌های فراوانی بوده اند.
در گذشته، جوّ حاکم ایجاب می‎کرد که عالمان دینی در نظام آموزشی خود پنهانکاری و خودسانسوری کنند.
حجت الاسلام عبدالقدیر عالمی؛ امام جمعه غرب کابل در گفتگو با خبرگزاری (آوا) با بیان این مطلب گفت که آغاز فعالیت علما و پایه ریزی علم و پژوهش از مکان‌های مخفی و پنهان بوده است که به نام مکتب خانگی یاد می‎شود وجلسات علمی، به دور از دید دولت های حاکم متعصب و ستمگر می‌شده اند.
او گفت که علمای دینی در گذشته با اینکه سخت تحت نظر حاکمان مستبد قرار داشتند؛ اما از نشر و پخش احکام دین، لحظه ای دست برنمی داشتند و بسیاری از آنان جان شان را در این راه قربانی کردند.
علمای دینی با تلاش خستگی ناپذیر و تحمل رنج ها و مشقت های فراوان، علوم دینی را از انحصار در مخفیگاه ها، منازل و دهات به شهرها کشاندند.
به باور وی، مرحوم آیة الله سید میرعلی احمد حجت(ره) اولین کسی است که عبادتگاه و آموزش حوزه دینی را از روستا وارد شهر کابل کرد. وی در سال ۱۳۱۷ ش حسینیه ای واقع در محله چنداول از توابع شهر کابل را بنیان نهاد که در آن، مراسم دینی و آموزش علمی طلاب انجام می‎گرفت.
عالمی در ادامه افزود که علما همواره در بین مردم افغانستان از موقعیت بلند و عالی برخوردار بوده و در طول تاریخ به حمایت مردم، رسالت دینی خود را ادا کرده اند.
وی نقش علما در ساختار اجتماعی، سیاسی و اخلاقی جامعه را برجسته خواند و افزود:"پیشگامان نهضت اسلامی و علمای دین همواره در مواقع حساس و خطرناک ظهور نموده، مردم را دستگیری کرده اند و جامعه را از خطر سقوط نجات داده اند".
به عقیده وی، کسانی که نقش علما را در عرصه های سیاسی و مدیریت جامعه نفی می کنند و یا اینکه کمرنگ جلوه می دهند در حق روحانیت جفا کرده اند؛ زیرا در طول تاریخ و در انقلاب های بزرگ جهان اسلام علما نقش قائد و رهبر را داشته اند.
علما همانگونه که در عرصه های علمی تحول ایجاد کرده و علم دین را از صورت انزوا، گوشه های منازل و مخفیگاه ها به عرصه های کلان اجتماعی کشانده اند، در عرصه های سیاسی نیز مصدر تحولات عظیمی در دنیای اسلام بوده اند.
آقای عالمی علاوه کرد که علما و دانشمندانی که از حوزات علمیه برخاسته و منشأ تحولات عظیم سیاسی و اجتماعی شده اند در دنیای اسلام کم نیستند.
او گفت:"شخصیت هایی نظیر سید جمال الدین افغانی، شهید صدر، عبده، رشید رضا و در تاریخ معاصر نیز حضرت امام خمینی و ده ها شخصیت دیگر منشأ خدمات ارزنده ای در دنیای اسلام شده اند.

قابل ذکر است که حوزات علمیه اگرچه نسبت به گذشته ها بهتر شده اند؛ اما نظر به شرایط و زمان از وضعیت مطلوبی برخوردار نیستند؛ زیرا نظام آموزشی قدیمی و سنتی آنها با شرایط روز سازگار نیست و باید سیستم های جدید درسی در حوزات علمیه ایجاد شود.