از آن جایی که آمریکا از انقلاب اسلامی ایران ضربات محکم و کوبنده ای خورده بود، از این رو با تشکیل حکومت اسلامی در افغانستان مخالف بود و از افراد نفوذی جهت ایجاد تفرقه‏ی هر چه بیشتر میان مجاهدین استفاده می کرد .

مجاهدین جهاد اصغر را به اتمام رساندند ، اما از جهاد اکبر که مبارزه با نفس بود، غافل گردیدند، این مطلب توسط محمد حنیف بابا خان یکی از فعالان دوره‏ ی جهاد اسلامی در گفتگو با خبرگزاری آوا عنوان گردید.

وی افزود: پرداختن برخی از دست اندرکاران جهاد به امورات نفسانی و نیز مطرح شدن مسایل قومی و نژادی در میان افراد جهادی و بحث پشتون و تاجیک، ازبک ، هزاره، شیعه و سنی ، از جمله عواملی بود که مجاهدین را در تشکیل حکومت اسلامی عاجز و ناتوان ساخت.
این فعال سیاسی همچنین ناآگاهی رهبران جهادی و عدم توجه آنها به مسایل فکر ی و فرهنگی را نیز در عدم حفظ ثبات در کشور پس از شکست روسها دخیل دانست و اذعان نمود: اکثر کسانی که در افغانستان مبارزه می کردند، از سواد و آگاهی سیاسی کافی برخوردار نبودند و بیشتر فعالیت ها ی آنان در بعد نظامی خلاصه می گردید، از این رو رهبران جهادی نتوانستند در ابعاد سیاسی و فرهنگی به خوبی ایفای نقش نمایند.

این مجاهد دوران جهاد با بیان اینکه مداخلات خارجی ها و غرب را نیز در به وجود آوردن تنش های داخلی و ناکامی مجاهدین نباید نادیده گرفت، تصریح نمود: از آن جایی که آمریکا از انقلاب اسلامی ایران ضربات محکم و کوبنده ای خورده بود، از این رو با تشکیل حکومت اسلامی در افغانستان مخالف بود و از افراد نفوذی جهت ایجاد تفرقه‏ی هر چه بیشتر میان مجاهدین استفاده می کرد .

وی پاکستان را مجری اصلی برنامه ها در ایجاد اختلاف میان مجاهدین از طرف آمریکا دانست و اذعان نمود: آمریکا هیچ تمایلی به پیروزی مجاهدین نداشت و خواهان آن بود که مسلمانان همیشه وابسته و در زیر یوغ ستم باقی بمانند، لذا در کنار مجاهدین افرادی را به نام طالب با همکاری پاکستان به وجود آورد.

به باور این مجاهد مبارز، آمریکا از روی کار آوردن طالبان، که خود را نماد اسلام می دانستند، اهداف پشت پرده ای را دنبال می نمود تا از طریق آنها اسلام را در نزد جهانیان، اسلامی خشن و دینی متحجر جلوه دهد و زمینه‏ی حضور خود را در افغانستان فراهم سازد.

وی در تکمیل مطلب فوق، علاوه کرد: دیری نپایید که ملت مسلمان و رنج کشیده‏ی افغانستان که از سختگیریها و خشونت طالبان به تنگ آمده بودند، از فرار طالبان که دست پرورده‏ی آمریکا بود، ابراز خرسندی نموده، غافل از اینکه حضور آمریکا می تواند آغاز فاجعه ای جدید برای کشورمان باشد و این طور شدکه مجاهدت های مجاهدین در اداره‏‏ی حکومت اسلامی افغانستان بی نتیجه ماند و کار به ظهور طالبان و آمریکا کشیده شد.

محمد حنیف باباخان در پایان ضمن ستودن رسالت مجاهدین در دوره‏ی مبارزه و جهاد، خطاب به آنها گفت: امروز نیز افغانستان باری دیگر به آن رشادت ها و مبارزات صادقانه نیازمند است و این وظیفه‏ی ما مجاهدین است که در سرنوشت کشورمان سهیم باشیم و خود را به اجانب نسپاریم، از این رو باید آمادگی لازم را در تمام امورات سیاسی، نظامی، فرهنگی، اقتصادی به دست آوریم و همگی مبارزه‏ی خستگی ناپذیری را در این راه داشته باشیم.