گویا برخی از دیدگاهها در کشور بر آن است که کمیسیون حقوق بشر در افغانستان، چنانچه باید مستقل نبوده و حکومت با اعمال نفوذ در آن، از طریق معرفی و چینش بعضی از اعضای کلیدی، استقلال این نهاد را زیر پرسش برده است. در یک اعلامیه خبری که با تازگی از سوی سازمان ملل متحد منتشر شده، آمده است:" حکومت افغانستان در گزینش اعضای کمیسیون مستقل حقوق بشر در این کشور تجدید نظر کند.
خانم پیلی در یک اعلامیه خبری گفته است: "اعضای کمیسیون حقوق بشر افغانستان باید از میان چهره ها و اشخاصی تعیین شود که از نام نیک برخوردار باشند، غیر وابسته و متعهد به حقوق بشر باشند.
رئیس حقوق بشر سازمان ملل گفته که انتصاب این افراد باعث اعتراض و نگرانی نهادهای جامعه مدنی افغانستان شده است.
به عقیده این مقام سازمان ملل اگر کمیسیون حقوق بشرمی خواهد فعالیت های اثرگذار داشته باشد، باید تمامی اعضای آن مورد تایید افغانستانی ها و نهادهای جامعه مدنی باشد".
البته این تنها رییس حقوق بشر سازمان ملل نیست که از حکومت افغانستان خواسته تا اعضای کمیسیون مذکور تعویض شود، بلکه سازمان حقوق بشر و حفظ محیط زیست در کابل نیز، تصمیم رئیس جمهور کرزی در مورد انتصاب اعضای کمیسیون مستقل حقوق بشر را خلاف مواد اعلامیه جهانی حقوق بشر می داند. عبدالرحمان هوتکی رئیس این نهاد به رسانه ها گفته است: رئیس جمهور مشوره های نهادهای جامعه مدنی در مورد تعیین اعضای کمیسیون حقوق بشر را نادیده گرفته است."
و صد البته به این انتقاد و اعتراضها باید اضافه کرد شکایت رهبران اپوزسیون و برخی از احزاب موجود در کشور را که نسبت به ترکیب و چینش اعضای کمیسیون حقوق بشر در کشور، همواره اعتراض و انتقاد داشته اند و این کمیسیون را در همسویی با حکومت افغانستان در هر فیصله اش دانسته اند.
از نظر بسیاری از آگاهان و نیز رقبای سیاسی رییس جمهور، کمیسیون حقوق بشر در کشور، به دلیل نفوذ و دخالتهای حکومت در آن، به نوعی بومی سازی شده و هیچگاهی نتوانسته مستقل عمل کند. از دید آنان کمیسیون حقوق بشر تبدیل شده به یکی از بازوان اجرایی حکومت و هر چه دولت افغانستان به آن دیکته می کند، این کمیسیون نیز مو به مو به آن عمل می کند؛ لذا و با این شرایط، دیگر استقلالی برای آن باقی نمی ماند تا به آن کمیسیون مستقل گفته شود!.
زمزمه هایی وجود دارد که در ارگ ریاست جمهوری بحث بر سر این است که سیما سمر و برخی دیگر در راس نهاد حقوق بشر در کشور، نباید برای بار سوم نیز به سمتهای خویش در مقاماتی که دارند ابقا شوند و البته این حساسیت در مورد خانم سمر بیشتر از دیگران است.
" یک منبع در ارگ ریاست جمهوری که نخواست نامش فاش شود، به یکی از رسانه های خارجی گفته است که اختلاف نظر برخی مقام های بلند پایه دولتی در مورد تعیین سیما سمر به حیث رئیس کمیسیون مستقل حقوق بشر برای دور سوم باعث شده بود تا این روند با تاخیر روبرو شود.
نزدیکی افراد تازه معرفی شده در کمیسیون با ارگ ریاست جمهوری و نداشتن سابقه کاری در عرصه حقوق بشر از مهم ترین انتقادات شماری از نهادهای جامعه مدنی در گزینش افراد جدید در کمیسیون مستقل حقوق بشر است".
به هر حال به نظر می رسد نقص عمده در ارتباط به کمیسیون حقوق بشر در کشور، به بندی از قانون اساسی کشور وارد باشد که حق تعیین رییس و کمشنران سازمان حقوق بشر در کشور را به رییس جمهور می دهد. در یک چنین وضعیتی طبیعی است که یک چنین مشکلاتی پیش آمده و هر رییس جمهوری بخواهد از هر نهاد و ارگانی در کشور، به سود سیاستهای اجرایی خویش بهره ببرد.
به نظر می رسد تا روال این باشد و رییس جمهور انحصاراً این حق را در اختیار داشته باشد، مشکل همچنان بر سر جایش باقی خواهد ماند. برای رفع این مشکل می توان از شیوه های آزاد و دموکراتیکِ معمول در دنیا وارد شد که یکی از روشها، انتخابی کردن رییس و اعضای ارشد کمیسیون حقوق بشر، به جای انتصابی بودن آنان است.
در این روش، به جای آنکه رییس جمهور اقدام به تعیین و نصب رییس و اعضای ارشد کمیسیون مذکور بکند، این پروسه نیز مانند انتخابات ریاست جمهوری و مجلس نمایندگان و...، می تواند به انتخاب مردم و یا نمایندگان مورد اعتماد آنان، واگذار شود.
به نظر می رسد استفاده از روش پیشنهادی، تا حد قابل توجهی، معضل به وجود آمده در کمیسیون حقوق بشر در کشور را حل و فصل کند. اگر چه در کل، سازمان نام نهاد حقوق بشر در سطح دنیا، کارنامه چندان مستقل و درخشانی برای جوامع انسانی از خویش به یادگار نگذاشته و این نهاد در اصل، وابسته به منافع استعمار و در کشورهای مختلف، تحت تاثیر حکومتها و قدرتهای بومی بوده است و با این هویت و چهره مخدوش، هیچگاهی نتوانسته اعتماد ملتها و دولتهای آزاد را به خود جلب کند.
لذا پیشنهاد امثال خانم پیلی، رییس حقوق بشر سازمان ملل به دولت افغانستان که گفته است:" اعضای کمیسیون حقوق بشر افغانستان باید از میان چهره ها و اشخاصی تعیین شود که از نام نیک برخوردار بوده و غیر وابسته و متعهد به حقوق بشر باشند."، خیلی نمی تواند مبنایی از توجه و اهمیت داشته باشد؛ چرا که کمتر مسلمان موجه، سالم و متعهدی حاضر خواهد شد تا با کمیسیونی معلوم الحالی چون حقوق بشر در کشور، همکاری و همفکری داشته باشد.