هر چند اختلاف نظرهای متعددی میان سران و نمایندگان دو گروه وجود دارد اما بزرگترین اختلاف نظر دو طرف پیرامون نحوه مداخله نیروهای خارجی به سوریه است.

تحولات سوریه این روزها در کانون توجهات رسانه های خبری قرار دارد، دلیل آن هم تا حد زیادی مشخص است. رسانه های غربی و بسیاری از رسانه های دنیای عرب این روزها موضع ضد سوری گرفته اند و تحولات سوریه را در قد و قامت یک بحران جدی منعکس می کنند. اگر به رسانه های آمریکایی توجه کنید اوضاع سوریه به قدری وخیم است که هر آن احتمال می رود بشار اسد سقوط کند، در حالی که وضع آن قدرها هم در سوریه اسفبار نیست. ارتش سوریه کماکان به شکل منسجم در صحنه حضور دارد و انشعابات صورت گرفته در آن به گونه ای حداقلی بوده است. بشار اسد کماکان از حمایت های مردم سوریه بهره مند و برخوردار است. دامنه شورش ها به شهرهای مرزی محدود مانده و به غیر از چند انفجار معدود دمشق از هر گونه شورش و نا امنی گسترده مصون بوده است. در حالی که رسانه های غربی سعی می کنند که تحولات سوریه با بحران هایی مانند بحران لیبی مقایسه کنند ولی موارد فوق ثابت می کند که تحولات سوریه با بحران های دیگر کشورهای عربی مانند بحرین و یمن متفاوت است و البته شواهد بسیاری نیز وجود دارد که نشان می دهد که تحولات سوریه ریشه خارجی و فرامرزی دارد.
رسانه های غربی و بسیاری از رسانه های عربی در ماه های اخیر تلاش بسیاری به خرج دادند تا مخالفان دولت بشار اسد را یک جبهه هماهنگ نشان دهند. اتحادیه عرب هم به نوبه خود تلاش کرد تا مخالفان اسد را هماهنگ نموده و یک شورای سرتاسری ملی مانند شورای ملی انتقالی لیبی از آن بسازد که از آن پس بتواند به عنوان نماینده مردم سوریه در محافل بین المللی قد علم کند. لذا از دو تشکل شورای ملی سوریه و هیات هماهنگی ملی سوریه خواست تا بیایند و یک ائتلاف بزرگ ایجاد کنند. دو نهاد مذکور که بزرگترین مخالفان دولت اسد را شکل می دهند بیشتر از یک ماه در قاهره به سر بردند و در نهایت هم بدون اینکه به نتیجه مشخصی دست پیدا کنند نشست های طولانی خود به پایان رسانیدند. هر چند بیانیه ای که صادر شد سرپوشی بود بر اختلافات دو طرف، ولی شورای ملی سوریه رسما اعلام کرده است که این بیانیه فاقد هر گونه ارزش است و هیات هماهنگی ملی از هیچ گونه پشتوانه مردمی برخوردار نیست. هیات هماهنگی ملی هم در آخر مذاکرات در پاسخ به این ادعای شورای ملی خود را نماینده اکثریت خاموش سوریه لقب داد و برچسب بی پشتوانگی را به خود شورای ملی زد.
هر چند اختلاف نظرهای متعددی میان سران و نمایندگان دو گروه وجود دارد اما بزرگترین اختلاف نظر دو طرف پیرامون نحوه مداخله نیروهای خارجی به سوریه است. شورای ملی انتقالی خواهان مداخله محدود آن هم به شکل تهاجم هوایی و دریایی معتقد است و از تهاجم زمینی به نیروهای سوری حمایت نمی کند. در مقابل هیات هماهنگی ملی اعلام کرده است که با این ایده های شورای ملی مخالف است و نباید مدل لیبی در سوریه تکرار شود.
از دید کارشناسان مسائل خاورمیانه این اختلاف نظرها از همان ابتدا میان دو طرف مشهود و قابل پیش بینی بود، دو طرف خواستگاه های فکری و حزبی خاص خود را دارند که قرار گرفتن آن ها را در یک صف واحد مشکل می کند. مثلا شورای ملی به اخوان المسلمین نزدیک است و در مقابل هیات هماهنگی از احزاب کمونیست، کرد و ... شکل گرفته است. این شکاف ها در نیروهای مخالف دولت سوریه تقریبا بسیاری از مسائل را به نفع بشار اسد رقم زده است و این امتیازرا به دولت او داده است تا خود را از دیکتاتوری های سقوط کرده ای مانند لیبی، تونس و ... متفاوت جلوه دهد و از سوی دیگر این فرصت را پیدا کند که زمان بیشتری را برای حل معضلات به وجود آمده بدست آورد.