در مکتب تربیتی امام باقر(ع)، به مردم علم و فضیلت آموخته می‌شد. امام باقر(ع) دارای خصال ستوده و مؤدب به آداب اسلامی بود. سیرت و صورتش ستوده بود، پیوسته لباس تمیز می‌پوشید و در کمال وقار و شکوه حرکت می‌فرمود. امام باقر(ع) در صدقات و بخشش و آداب اسلامی مانند دستگیری از نیازمندان و تشییع جنازه مؤمنین و عیادت از بیماران و رعایت ادب و آداب و سنن دینی، کمال مواظبت را داشت.

نام مبارک امام پنجم شیعیان محمد می‌باشد. لقب آن حضرت، باقر یا باقرالعلوم است، بدین جهت که دریای دانش را شکافت و اسرار علوم را آشکارا ساخت. القاب دیگری مانند شاکر و صابر و هادی نیز برای آن حضرت ذکر کرده‌اند که هر یک باز گوینده صفتی از صفات آن امام بزرگوار بوده است.
 
کنیه امام "ابو جعفر" بود. مادرش "فاطمه" دختر امام حسن مجتبی(ع) بود. بنابراین نسبت آن حضرت از طرف مادر به سبط اکبر حضرت امام حسن(ع) و از سوی پدر به امام حسین(ع) می‌رسید. پدرش حضرت سیدالساجدین، امام زین‌العابدین، علی‌بن‌الحسین(ع) است. تولد حضرت باقر(ع) در روز جمعه سوم ماه صفر سال 57 هجری در مدینه اتفاق افتاد.


در واقعه‌ی جانگداز کربلا همراه پدر و در کنار جدش حضرت سید الشهداء کودکی بود که به چهارمین بهار زندگیش نزدیک می‌شد. دوران امامت امام محمد باقر(ع) از سال 95 هجری که سال شهادت امام زین‌العابدین(ع) است آغاز شد و تا سال 114 هجری یعنی مدت 19 سال و چند ماه ادامه داشت.
 
 
دانش امام باقر علیه السلام نیز همانند دیگر امامان از سرچشمه‏ وحى بود. آنان آموزگارى نداشتند و در مكتب بشرى درس نخوانده بودند. «جابر بن عبدالله‏» نزد امام باقر(ع) مى‌آمد و از آن حضرت دانش فرا مى‏‌گرفت و به آن گرامى مكرر عرض مى‏‌كرد: اى شكافنده علوم! گواهى مى‏‌دهم تو در كودكى از دانشى خدادادی برخوردارى.
 

در مکتب تربیتی امام باقر(ع)، علم و فضیلت به مردم آموخته می‌شد. ابوجعفر امام محمد باقر(ع) متولی صدقات حضرت رسول(ص) و امیرالمؤمنین(ع) و پدر و جد خود بود و این صدقات را بر بنی‌هاشم و مساکین و نیازمندان تقسیم می‌کرد، و اداره آنها را از جهت مالی به عهده داشت. امام باقر(ع) دارای خصال ستوده و مؤدب به آداب اسلامی بود. سیرت و صورتش ستوده بود، پیوسته لباس تمیز می‌پوشید و در کمال وقار و شکوه حرکت می‌فرمود.
 
 
بسیار گشاده‌رو و با مؤمنان و دوستان خوش‌برخورد بود. با همه‌ی اصحاب مصافحه می‌کرد و دیگران را نیز بدین کار تشویق می‌فرمود. در ضمنِ سخنانش می‌فرمود:
مصافحه کردن کدورت‌های درونی را از بین می‌برد و گناهان دو طرف - همچون برگ درختان در فصل خزان - می‌ریزد.
 
 
امام باقر(ع) در صدقات و بخشش و آداب اسلامی مانند دستگیری از نیازمندان و تشییع جنازه مؤمنین و عیادت از بیماران و رعایت ادب و آداب و سنن دینی، کمال مواظبت را داشت. می‌خواست سنت‌های جدش رسول الله (ص) را عملا در بین مردم زنده کند و مکارم اخلاقی را به مردم تعلیم نماید. در روزهای گرم برای رسیدگی به مزارع و نخلستان‌ها بیرون می‌رفت و با کارگران و کشاورزان بیل می‌زد و زمین را برای کشت آماده می‌ساخت. آنچه از محصول کشاورزی - که با عرق جبین و کد یمین - به دست می‌آورد در راه خدا انفاق می‌فرمود. بامداد که برای ادای نماز به مسجد جدش رسول الله (ص) می‌رفت، پس از گزاردن فریضه، مردم گرداگردش جمع می‌شدند و از انوار دانش و فضیلت او بهره‌مند می‌گشتند.
 
 
شهادت امام باقر (ع)
امام باقر (ع) پس از عمرى تلاش در ميدان بندگى خدا و احياى دين و ترويج ‏علم و خدمات اجتماعى به جامعه اسلامى، در روز هفتم ماه ذو الحجه سال 114 رحلت كرد. منابع روايى و تاريخى علت وفات آن حضرت را مسموميت دانسته‏‌اند، مسموميتى كه دسته‌اى از عوامل حكومت امويان در آن دخيل بوده است.
 
در اين كه چه فرد يا افرادى در اين ماجراى خائنانه دست داشته ‌اند، نقلهاى روايى و تاريخى از اشخاص مختلفى نام برده‏ اند. بعضى از منابع، شخص هشام بن عبدالملك را عامل شهادت آن حضرت دانسته‌اند.
بخشى ديگر، ابراهيم بن وليد را وسيله مسموميت معرفى كرده‏‌اند.


به طور مسلم وفات امام باقر (ع) در دوران خلافت هشام بن عبدالملك رخ داده است، زيرا خلافت هشام از سال 105 تا سال 125 هجرى استمرار داشته، و آخرين سالى كه مورخان در وفات امام باقر (ع) نقل كرده‏‌اند 118 هجرى مى‏‌باشد.
با اين كه نقلها بظاهر مختلف است، اما با اندكى تأمل در منابع روايى و تاريخ، بعيد نمى‏‌نمايد كه همه آنها به گونه‌اى صحيح باشد زيرا عامل شهادت آن حضرت لازم نيست يك نفر باشد بلكه ممكن است افراد متعددى در شهادت امام باقر (ع) دست داشته‏‌اند كه هر روايت و نقل، به يكى از آنان اشاره كرده‌است.

با توجه به برخوردهاى خشن و قهرآميز هشام با امام باقر (ع) و عداوت انكارناپذير بنى‌اميه با خاندان على (ع) شك نيست كه او در از ميان بردن امام‏باقر (ع) ـ اما بشكلى غير علنى ـ انگيزه‏اى قوى داشته است.

بديهى است كه هشام براى عملى ساختن توطئه خود، از نيروهاى مورد اطمينان خويش بهره جويد، از اين رو ابراهيم بن وليد را كه عنصرى اموى و دشمن اهل بيت (ع) است به استخدام مى‌گيرد و او امكانات لازم را در اختيار فردى كه از اعضاى داخلى خاندان على (ع) بشمار مى‌آيد و مى‏‌تواند در محيط زندگى امام باقر (ع) بدون مانع راه يابد و كسى مانع او نشود، قرار دهد، تا به وسيله‌ی او برنامه خائنانه هشام عملى گردد و امام به شهادت رسد.

امام باقر (ع) اين چنين به شهادت رسيد و به ملاقات الهى شتافت و در بقيع، كنار مرقد پدر بزرگوارش امام سجاد (ع) و عموى پدرش حسن بن على (ع) مدفون گشت.